大战之后闪焰队解散，成员们只得自己另寻出路，大部分成员金盆洗手，和宝可梦过上了普通日子。闪焰队的干部们被捕入狱，迎接他们的是几十年的牢狱生涯。
    帕琦拉是卡洛斯家喻户晓的人物：她是受观众喜爱的知名主持人，也是卡洛斯的火系天王。她入狱的消息震惊了整个卡洛斯，喜爱她的观众和训练家无不为她惋惜。
    帕琦拉在接受媒体采访时时并无悔过之意，她有她想守护的人和想坚守的理想。她承认她的想法与主流观点相悖，然而观点并无对错之分，她认为自己履行了对弗拉达利的承诺，尽到了闪焰队干部的职责。
    【骷髅队】
    古兹马解散了骷髅队。大姐头布尔美丽开始带领部分队员寻找新的生活方向，她自己也开始为未来奋斗，最终挑战了宝可梦联盟。
    解散后的骷髅队成员开办了呆呆兽尾巴烧烤连锁店。他们的尾巴来路正规，烧烤酱汁浓郁，让人唇齿留香。在小溪的购物中心里，也能找到他们的尾巴连锁店。
    【露莎米奈】
    露莎米奈把虚吾伊德放归究极空间，她的神经毒素彻底痊愈了，控制欲减弱，莉莉艾被允许穿她自己喜欢的衣服。她对被做成宝可梦感到愧疚，半是为了赎罪，半是为了将来能和莫恩合作，她把工作当成了人生的首要任务。
    以太基金会每年都会救助上万只宝可梦，其中大部分宝可梦在身体恢复后回到自然，小部分被训练家收养。布鲁皇妹妹一家不愿意被领养，一直留在以太基金会，小溪经常带布鲁皇回家探亲。
    以太基金会还和究极大都会合作，共同研究究极异兽。芭内特、扎奥博和碧珂将以太基金会组织得仅仅有条，研究员总能在核心期刊发表论文。
    莫恩一直没有找回记忆，露莎米奈也不愿意惊醒他。她反省曾经的自己，年轻时的她控制欲太强，莫恩和她在一起时并不总是快乐的，莫恩现在生活得更幸福。她有意避开莫恩，不去打扰他的生活。可是五年后的一个下午，莫恩在与她商讨合作时突然向她表白。
    “听说您的丈夫不在了，那您愿意考虑我吗？”他问，“我总觉得，要是我有妻子，那她一定是您这样的。”
    露莎米奈答应了他。她在亲友们的祝福下，又一次与莫恩步入婚姻的殿堂。这一次两人再也没有分开。
    【莉莉艾和格拉吉欧】
    与究极异兽的决战让莉莉艾变得勇敢，她开始了诸岛巡礼。其间她收服了皮皮、花疗环环和阿罗拉九尾，成为了妖精属性训练家。她克服了胆怯，报名参加了拉纳基拉山的联盟大会。虽然并没有取得名次，但是战斗却让她加深了和宝可梦的牵绊。
    她发现自己的兴趣并不在对战，她不喜欢宝可梦受伤；她的兴趣在为宝可梦治疗，她想要成为乔伊小姐那样能治愈宝可梦身体创伤的人。
    大会之后，就在她准备回家时，许久不见的小星云突然出现。久别重逢，莉莉艾与它对战后收服了它。她带着小星云等宝可梦在各个地区冒险。她们见到了许多未曾见过的宝可梦。几年后她回到以太基金会工作，职业是宝可梦治疗师。
    为了变强，她的哥哥格拉吉欧在大战后登上了驶往关都地区的豪华游轮——圣特安努号。他挑战关都地区的强大训练家，从切磋中学习对战技巧。他的气质在一次次惊险的对决中发生了改变，唯一不变的是他的发型。他最终回到阿罗拉，从母亲手中继承了基金会。
    【究极大都会】
    究极大都会重新获得了光明，阿玛茉和达尔斯在领导人西奧尼拉的指挥下，与索尔迦雷欧和露奈雅拉一同参与重建。新城市中没有高塔，建筑物摒弃了黑色的外墙和棱角分明的风格。居民们为光辉大神召开了追思会，歌颂光明，反思历史，感谢神的原谅。
    阿玛茉和达尔斯性格相去甚远，然而一起冒险和工作的经历让两人发现了彼此的重要性。他们最终结婚生子。阿玛茉怀念阿罗拉的自然风光和宝可梦，和达尔斯乘坐露奈雅拉返回阿罗拉，在此定居。两人在以太基金会工作，研究和调查未知的究极异兽。
    【库库伊和芭内特】
    联盟落成，库库伊发表了讲话，并以选手身份参加第一届大会，毫无悬念地取得了冠军。之后的两年，他以冠军的身份挑战参赛者。第一年，小智与莎莉娜道别后来阿罗拉冒险，在联盟大会中战胜了库库伊。第二年，库库伊输给了阿罗拉的新人训练家美月。他将冠军的职务交给了美月，做回了宝可梦博士。
    为了不打破芭内特对皇家蒙面人的美好幻想，他小心翼翼地隐藏自己的马甲。但某次与岛屿之王聚餐时，库库伊不慎喝醉，回到家后整理衣柜时，他将皇家蒙面人的面具扔进了全家共用的脏衣袋。芭内特这才发现男神和丈夫是同一人。她的幻想非但没有破碎，反而成了真。
    很快芭内特怀孕，生下一位长相酷似库库伊的男孩。男孩被取名为“雷伊”，意思是“阿罗拉的花环”，也有“亲爱”之意。
    【岛屿之王】
    岛屿之王哈拉、默丹和岛屿女王丽姿继续保护岛屿的安全，教导新人训练家。库库伊邀请三位岛屿之王担任宝可梦联盟的四天王，默丹不喜欢热闹，懒得在众人面前表演，因此拒绝了库库伊；哈拉和丽姿分别成为了新联盟的格斗系和岩石系天王。哈拉退休后，他四天王的职责被马睿因代替。